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Dúvida
Por qual motivo está duplicando o valor do ICMS ST - Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços - Substituição Tributária na contabilização pelo VDP40030/VDP0768 - Lançamentos Contábeis?

Ambiente
Cross Segmentos - TOTVS Backoffice (Linha Logix) - Faturamento - Versão 12

Solução
Essa situação ocorre porque o Sistema está contabilizando o valor do ICMS ST duas vezes. Uma vez pelo próprio tributo ICMS ST e outra vez somado ao valor da mercadoria, pelo valor contábil.

Quando faz a contabilização pelo valor contábil o valor dos tributos está somado no valor da mercadoria.
Verifique se está configurado para contabilizar por valor contábil, pelo LOG00086 - Administração de Parâmetros Logix, no parâmetro:
Valor que deverá ser lançado na conta contábil de mercadoria/serviço - valor_lancto_ctb_merc_serv
Em Processo Saídas/ Comunicação/ Lançamentos Contábeis
Se estiver como C - Contábil faz a contabilização pelo valor contábil do item.

Abater o ICMS_ST:
Se estiver configurado para contabilizar pelo valor contábil e também configurado para contabilizar o ICMS ST é possível configurar para abater o ICMS ST do lançamento do valor contábil.
Para abater o ICMS ST do valor contábil da mercadoria utilize o parâmetro do LOG00086:
Efetuar o abatimento do ICMS_ST do valor na contabilização da receita? - abat_subs_tri_val_contab
Em Processo Saídas/ Faturamento/ Tributos e Benefícios
Com esse parâmetro como S - Sim o valor do ICMS ST será abatido do valor contabilizado na Mercadoria.
E o ICMS ST estará configurado no VDP10023/VDP0758 - Cadastro de Contas Contábeis para contabilizar separadamente.

Não contabilizar ICMS ST separado:
Outra solução seria manter o ICMS ST embutido no valor contábil da mercadoria e não contabilizá-lo separadamente.
Para isso o parâmetro abat_subs_tri_val_contab mencionado acima deve ficar como N - Não, e no VDP10023/VDP0758 altere a configuração do ICMS ST para não contabilizar.  Isso é feito desmarcando a coluna Contabiliza? ou Cont?  para a finalidade ICMS_ST. 
Dessa forma o valor de ICMS_ST estará sendo contabilizado apenas embutido no valor contábil do item.