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Dúvida
Por que os apontamentos de perdas não estão sendo apresentados no relatório MATR860 - Relação por Ordem de Produção?

Ambiente
TOTVS Manufatura - TOTVS Manufatura (Linha Protheus) - Planejamento e Controle da Produção (SIGAPCP) - Versão 12

Solução
As informações que são apresentadas no relatório MATR860 são buscadas da tabela SD3 - Movimentações Internas.
Na rotina MATA685 - Apontamento de perda as informações ficam gravadas na tabelas SBC - Perda por Ordem de Produção.
É necessário avaliar se a configuração relacionada a perda está gravando essa quantidade na tabela SD3, para que seja impressa no relatório, para isso verifique se na opção F12 na rotina MATA685 o parâmetro Requisita produto de Origem? está igual a Sim e se o campo BC_CODDEST - Produto destino não está preenchido, isto porque quando o campo BC_CODDEST é preenchido a rotina realiza uma transferência de estoque, não atrelada a OP - Ordem de Produção.
Verifique também se item informado na perda é o item produzido pela OP, ao informar o PA - Produto Acabado na perda, o Sistema gera uma requisição sem vínculo a OP.