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Dúvida
O procedimento relatado a seguir se diz respeito ao processo de Anulação/Substituição de um CT-e quando o tomador do serviço é um contribuinte do ICMS e quando o tomador do serviço NÃO é contribuinte do ICMS/quando CTe de anulação é de responsabilidade da própria transportadora. 

Ambiente
Cross Segmentos - TOTVS Backoffice (Linha RM) - Documentos Eletrônicos - CTE - A partir da versão 11.52

Solução
1 - Anulação e Substituição CT-e para Contribuintes de ICMS

OBSERVAÇÃO: O transportador deverá ter ciência da situação tributária do tomador, ou seja, deve saber se o mesmo é
contribuinte ou não do ICMS.

Sendo o tomador um Contribuinte do ICMS, a anulação do CT-e será informada ao transportador através da emissão de um documento fiscal próprio (NF-e, CT-e ou outro documento fiscal).
A empresa transportadora, emitente do CT-e original não irá gerar um CT-e de Anulação.

• A empresa Transportadora deverá registrar em seu ERP o documento fiscal enviado pelo tomador, em um movimento de entrada específico, conforme parametrizações abaixo:

IMPORTANTE: Para os tipos de documento com modelo 57 e 55 deverá ser informada a chave de acesso no movimento.

1.2.XX – Dcto Emitido pelo Tomador – Anulação de CT-e – Contribuinte de ICMS.

Etapa – Movimento – Identificação.
Edita Numeração – Edita
Série – Edita ou Mostra

Etapa – Movimento – Emitente/Destinatário 1 /2
Emitente – Fornecedor
Destinatário – Empresa

Etapa – Movimento – Emitente/Destinatário 2/2
Edição do Cliente/Fornecedor – Edita

Etapa – Movimento – Datas 1/2
Data de Emissão - Edita

Etapa – Item – Identificação
Tipo de Itens – Ambos

Etapa – Fiscal – Escrituração Fiscal 1/2
Marcar “Gera Escrituração”
Tipo de documento Escrituração:
Obs: Para os tipos de documento com modelo 57 e 55 deverá ser informada a chave de acesso no movimento.

• A empresa transportadora deverá criar um CT-e de Substituição através de cópia por referência do CT-e original.

2.2.XX – CT-e Substituto

Etapa – Movimento – Identificação
Edita Numeração – Mostra
Série – Mostra

Etapa – Movimento – Emitente/Destinatário 1 /2
Emitente – Empresa
Destinatário – Cliente

Etapa – Movimento – Emitente/Destinatário 2/2
Edição do Cliente/Fornecedor – Edita

Etapa – Movimento – Datas 1/2
Data de Emissão - Edita

Etapa – Movimento – Outros Dados
Marcar “Usa cópia de movimentos por referência”
Motivo de Referência – 17 - Conhecimento Transporte Eletrônico (CT-e) – Substituição

Etapa – Movimento – Transporte 1/3
Marcar "editar Transportadoras 1"
Marcar “Editar quantidade”
Marcar “Editar Espécie”

Etapa – Movimento – Transporte 2/3
Tipo de Frete: CIF/FOB/Terceiros - Edita
Marcar "Edita dados do cálculo do frete da mercadoria"Marcar “Editar dados da placa do veículo”

Etapa – Fiscal – Dados Fiscais
Usar CTRC – Emitir

Etapa – Fiscal – Escrituração Fiscal 1/2
Marcar “Gera Escrituração”
Tipo de documento Escrituração:
Informar tipo de documento cujo modelo seja 57.

• No menu Processos deve-se executar o processo de "Assistente de Cópia por Referência"
• Na aba Transporte | Identificação deverá ser informado ‘Tipo de CT-e’ como ‘Substituto’ e ‘Tipo de Tomador’.
• Na aba CTRC Saída executar o botão “Associar Notas Fiscais” e buscar pela movimento fiscal de entrada cadastrado anteriormente.
• Editar o documento importado e informar “Tipo de vínculo de documento” como “Documentos Transportados”.

 Transmitir CT-e de Substituição para a SEFAZ origem.

2 - Anulação e Substituição CT-e para Não Contribuintes de ICMS/Emissão CT-e de anulação por responsabilidade da transportadora.

• De posse deste documento, a empresa transportadora cria um movimento de CT-e do tipo Anulação através de cópia por referência (tipo 16) do movimento de CT-e Original que foi emitido com erro.

Anulação-Tipo 1.2.XX

Etapa 1 - Movimento - Identificação
Edita Numeração: Edita;
Série: Edita ou Mostra.

Etapa 2 - Movimento - Emitente e Destinatário 1/2
Emitente: Empresa;
Destinatário: Empresa.

Etapa 3 - Movimento - Datas
Data de Emissão: Edita.

Etapa 6 - Movimento - Outros Dados
Usar Cópia de Movimentos por Referência: Habilitado;
Motivo de Referência: 16 - Conhecimento Transporte Eletrônico (CT-e) - Anulação.

Etapa 18 - Movimento - Transporte 1/3
Editar Espécie: Habilitado;
Editar Quantidade: Habilitado.

Etapa 19 - Movimento - Transporte 2/3
Tipo de Frete (CIF / FOB / Terceiros): Edita;
Editar Dados de Cálculo do Frete da Mercadoria: Habilitado.

Etapa 26 - Item - Identificação 1/2
Tipos dos Itens: Ambos.

Etapa 60 - Fiscal - Natureza
Edita Cliente/Fornecedor Origem/Destino: Habilitado.

Etapa 62 - Fiscal - Escrituração Fiscal 1/2
Gerar Escrituração: Habilitado;
Tipo de Documento Escrituração: 57 (Este valor deve estar preenchido no campo "Código do Modelo do Documento", que está localizado no cadastro do Tipo de Documento escolhido).

Etapa 68 - Fiscal - Conhecimento de Transporte
Tipo de Operação do Conhecimento de Transporte: Emitir CT-e;
Modal: Rodoviário (pode variar de acordo com o contexto).

• No menu Processos, deve-se executar o "Assistente de Cópia por Referência".
• Na aba Transporte | Identificação, o campo Tipo de CT-e deverá estar preenchido com o valor 'Anulação'.

Transmitir o CT-e de Anulação para a SEFAZ origem. 

• A empresa transportadora cria um movimento de CT-e do tipo Substituto, através de cópia por referência (tipo 17) do movimento de CT-e de Anulação citado no item anterior.

Substituição - Tipo 2.2.XX

Apenas alguns parâmetros diferem do Movimento de Anulação, que são:

Etapa 2 - Movimento - Emitente e Destinatário 1/2
Emitente: Empresa;
Destinatário: Cliente.

Etapa 6 - Movimento - Outros Dados
Usar Cópia de Movimentos por Referência: Habilitado;
Motivo de Referência: 17 - Conhecimento Transporte Eletrônico (CT-e) - Substituição.

Etapa 60 - Fiscal - Natureza
Edita Cliente/Fornecedor Origem/Destino: Desabilitado.

• Na aba Transporte | Identificação, o campo Tipo de CT-e deverá estar preenchido com o valor 'Substituto'.
• Na aba CTRC Saída executar o botão “Associar Notas Fiscais” e buscar pela movimento do CT-e de Anulação(mov.entrada). 

Transmitir o CT-e de Substituição para a SEFAZ origem.

 SAIBA MAIS EM: Anulação e Substituição