Cross Segmento - TOTVS Backoffice Linha Protheus - ADVPL - Aviso: rpo incomplete compilation some programs will not work

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Ocorrência
No console do Application Server é exibida a seguinte mensagem:

[WARNING] RPO incomplete compilation. Some programs will not work.

Ambiente
Cross Segmento - TOTVS Backoffice (Linha Protheus) – ADVPL – A partir da versão 11.8

Causa
Essa mensagem é registrada no log de console do TOTVS | Application Server, quando realizada a carga do repositório para a memória, caso exista um ou mais fontes marcados com problema de compilação no Repositório.
Tomemos como exemplo o cenário abaixo:
Foi solicitado ao IDE/TDS a compilação de uma lista de fontes, como por exemplo uma compilação de um projeto inteiro ou uma pasta inteira de um projeto.

Durante a compilação, vários fontes são compilados com sucesso, porém no primeiro erro de compilação de um código, a compilação é interrompida.
Todos os fontes compilados com sucesso são gravados no repositório, porém o ultimo fonte – que apresentou alguma ocorrência de erro durante a compilação – é removido do repositório, e marcado como incompleto.
Este registro do repositório passa a ser mostrado no log de console, caso exista algum fonte no Repositório marcado como incompleto.

Solução
Para desmarcar um fonte incompleto, é necessário compilá-lo neste repositório.