Dúvida
Qual a diferença entre os instaladores no formato .EXE e .MSI?

Ambiente
Framework - Linha RM - Frame - Todas as versões 

Solução

Existem dois instaladores diferentes do sistema TOTVS RM, veja abaixo a descrição de cada um e quando utilizá-los.

MSI - Microsoft Windows Installer
Objetivo
Criar e configurar todo o ambiente "do zero".
Também conhecido como instalador ou pacote cheio!
Premissa
Não existir nenhuma versão anterior do produto que está sendo instalado.
Caso haja uma versão antiga, torna-se necessário a remoção da versão anterior para a instalação da atual.
Mais informações
 Por ser completo e realizar mais atividades durante a instalação, é maior em megabytes e mais demorado.
 Eles tem a extensão .MSI e utilizamos a Framework da Microsoft própria para instalações em Windows: Microsoft Windows Installer

EXE
Objetivo
Os instaladores com a extensão .exe são atualizadores de ambientes, uma vez já instalado o MSI.
Premissa
Ter uma versão anterior instalada, com isso realizando o mínimo de ajustes necessárias para atualizar a versão.
Mais informações
 É uma instalação mais fácil e mais rápida, não sendo necessário realizar muitos ajustes.
 Os patches são gerados apenas com esse tipo de instalador.

Como temos dois instaladores com objetivos diferentes, a cada release geramos ambos com o mesmo conteúdo.
Há clientes que irão instalar o produto pela primeira vez (clientes novos, máquinas formatadas, etc..) e também há aqueles que já estavam na release anterior e só querem atualizar a versão.
Aviso
O fato de gerarmos dois instaladores diferentes da mesma versão, não significa que é necessário a instalação de ambos, pois no final da instalação terão os mesmos resultados.

Portanto, não instale a versão MSI e posteriormente a EXE da mesma versão logo em seguida, pois isso só te causará perda de tempo!

Exemplos

• Caso a versão 12.1.15 já esteja instalada no Windows, ao liberarmos a versão 12.1.17, não é necessário desinstalar a versão e instalar a nova versão 12.1.17.msi. Para esse caso, temos o instalador 12.1.17.exe, onde irá migrar a versão 12.1.15 para 12.1.17 de uma forma mais fácil e rápida.

• Caso não tenha nenhuma versão instalada na máquina, não é possível instalar o 12.1.17.exe pois ele precisa que já exista o ambiente configurado, o que é responsabilidade do instalador em formato MSI. Então é necessário instalar apenas a versão 12.1.17.msi.

• Os patches são gerados com apenas as alterações pontuais e muitas vezes poucos arquivos, consequentemente ele só é gerado com formato .exe, como atualizadores pontuais de forma rápida e fácil.