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Dúvida
Como proceder para realizar a baixa de pedidos com WMS - Warehouse Management System

Ambiente
Cross Segmentos - TOTVS Backoffice (Linha Logix) - Faturamento - Versão 12

Solução
Verifique o parâmetro no LOG00086 - Administração de parâmetros Logix, em Processo Saidas> Faturamento> Integrações Faturamento:
Local de Baixa do pedido integrado com WMS - baixa_pedido_venda_wms
Indica se a baixa do pedido de venda controlado pelo WMS ocorrerá no momento do faturamento ou na liberação do veículo.
F - Baixa do pedido no faturamento
L - Baixa do pedido na Liberação do veículo 

Esse parâmetro deve ser utilizando quando usa WMS.
A opção F vai fazer a baixa do pedido no momento em que gera a nota fiscal, ficando com quantidade atendida.
A opção L vai fazer a baixa do pedido apenas quando é feito a liberação do veículo no WMS.