Para correção terá que executar select(max) nas tabelas pares, para verificar se estão iguais, pois deveriam ser iguais, verificar quais registros estão sem ligação, registros que estão sem o seu par e excluí-los.
Comandos para verificação:                                                                                                                                                                                           
1.1. select max(num_transac) from w_invent where cod_empresa = '01'                                                                                                                                                  
1.2. select max(num_trans) from sup_w_inv_compl where empresa = '01'                                                                                                                                                 
2.1. select max(num_transac) from invent where cod_empresa = '01'                                                                                                                                                    
2.2. select max(num_trans) from sup_inv_compl where empresa = '01'                                                                                                                                                  
3.1. select max(num_transac) from h_invent where cod_empresa = '01'                                                                                                                                                  
3.2. select max(num_trans) from sup_h_inv_compl where empresa = '01'                                                                                                                                                 
                                                                                                                                                                                                                     
Registros sem pares:                                                                                                                                                                                                 
4.1. select * from w_invent where cod_empresa = '01' and num_transac not in (select num_trans from sup_w_inv_compl where empresa = '01')                                                                             
4.2. select * from sup_w_inv_compl where empresa = '01' and num_trans not in (select num_transac from w_invent where cod_empresa = '01')                                                                             
5.1. Select * from invent where cod_empresa = '01' and num_transac not in (select num_trans from sup_inv_compl where empresa = '01')                                                                                 
5.2. select * from sup_inv_compl where empresa = '01' and num_trans not in (select num_transac from invent where cod_empresa = '01')